NAVEGACIÓN AÉREA Es responsable de la reglamentación, supervisión y gestión de los servicios del tránsito aéreo, información aeronáutica, meteorología, telecomunicación, navegación y vigilancia

SEGURIDAD Su misión es la seguridad de los pasajeros, la tripulación, el personal en tierra y el público en general, así como la regularidad y eficacia de la Aviación Civil de Guinea Ecuatorial.

LICENCIAS AL PERSONAL :Reglamentar y supervisar, el proceso de licencias del personal navegante, desde la   solicitud, emisión, validación, conversión, supervisión de las operaciones diarias, hasta la suspensión o revocación, incluida su formación y los aspectos médicos.

FACILITACIÓN Se encarga de agilizar el proceso del transporte aéreo, acelerando los trámites a las aeronaves, tripulación, pasajeros, carga y correo evitando demoras innecesarias.

AERÓDROMOS Se encarga de la certificación, vigilancia y control de todos los aeródromos/helipuertos nacionales, con la finalidad de garantizar el desarrollo de sus operaciones bajo los estándares de calidad, eficacia y seguridad.

AERONAVEGABILIDAD Supervisar el mantenimiento de las aeronaves de matrícula ecuatoguineana, emisión y revisión de certificados de aeronavegabilidad, certificación de las Organizaciones de Mantenimiento de Aeronaves, y gestión de aeronavegabilidad.

INVESTIGACION DE ACCIDENTES La Comisión de Investigación de Accidentes de Aviación es el organismo oficial encargado de realizar la investigación de los accidentes e incidentes de Aviación que se producen dentro del territorio nacional.

OPERACIONES AEREAS se encarga de la emisión, renovación, modificación, suspensión, y anulación de un Certificado de Transportador  Aéreo (CTA) para la realización de Transporte Aéreo Comercial de aeronaves.